一、分子杂交的概念：
分子杂交(molecular hybridization)指具有一定同源序列的两条核酸单链(DNA或RNA)，在一定条件下按碱基互补配对原则经过退火处理，形成异质双链的过程。
利用这一原理，就可以使用已知序列的单链核酸片段作为探针，去查找各种不同来源的基因组DNA分子中的同源基因或同源序列。
二、分子杂交基本原理：
(一)DNA变性 ：
DNA变性是指双螺旋之间氢键断裂，双螺旋解开，形成单链无规则线团，因而发生性质改变(如粘度下降，沉降速度增加，浮力上升，紫外吸收增加等) 。
1、DNA变性的方法：
1)加热;
2)改变DNA溶液的pH;
3)有机溶剂(如乙醇、尿素、甲酰胺及丙酰胺等)等理化因素。
2、增色效应：DNA在260nm处有最大吸收值，这一特征是由于含有碱基的缘故。在DNA双螺旋结构模型中碱基藏于内侧，变性时由于双螺旋解开，于是碱基外露，260nm紫外吸收值因而增加，这一现象称为增色效应(hyperchromic effect) 。利用DNA变性后波长260nm处紫外吸收的变化可追踪变性过程。
3、溶解曲线：如果升高温度使DNA变性，以温度对紫外吸收作图，可得到一条曲线，称为溶解曲线。
4、融解温度：通常人们把50%DNA分子发生变性的温度称为变性温度(即熔解曲线中点对应的温度)，由于这一现象和结晶的融解相类似，故又称融点或融解温度(melting temperature， Tm)。因此Tm是指消光值上升到最大消光值一半时的温度。
5、影响Tm值的因素：Tm不是一个固定的数值，它与很多因素有关：
1) 部因素：pH、离子强度。随着溶剂内离子强度上升，Tm值也随着增大。
2) 部因素：DNA的碱基比例、DNA的均一性 ;在相同条件下，DNA内G-C配对含量高，其Tm值也高。
6、DNA中的GC含量与Tm值关系：
Tm = 69。3+0。41 × % (G+C)
对于小于20bp的寡核苷酸，Tm=4(G+C)+2(A+T)
实验表明DNA分子中(G+C)克分子含量百分比的大小与Tm值的高低呈直线关系。
(二)复性：变性DNA只要消除变性条件，二条互补链还可以重新结合，恢复原来的双螺旋结构，这一过程称为复性(renaturation) 。
退火：通常DNA热变性后，将温度缓慢冷却，并维持在比Tm低25～30℃左右时，变性后的单链DNA即可恢复双螺旋结构，因此，这一过程又叫做退火。
复性后的DNA，理化性质都能得到恢复。倘若DNA热变后快速冷却，则不能复性。
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